喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……

封印着三国时代英雄魂魄的勾玉，流落到日出国（日本）并散落各地。勾玉具有能引导出续承者极限能力的力量。被勾玉选中的人称之为“斗士”，为追求天下第一强不断战斗。看似平凡的女高中生——孙策得知自己也是名“斗士”后，便投入了战斗的漩涡。而奉母之命转到南阳学院的伯符转学的第一天就制造了暴动。在关东，洛阳中学，南阳中学，许昌中学，扬州中学，豫州学院，成都学院，琼州中学共7所中学中，展开了天下唯我独尊的霸权争夺战。在这7多高校的高中生中，有一群身批勾玉“战袍”的人，他们何时何地都埋头苦战。在他们身上所佩带的勾玉是封印着远在三国时期三国志战士灵魂的，宿命的勾玉。换言之，三国志时代的英雄和名将们都演变成了高中生在现代展开霸权争夺战。

故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。

《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。夏天结束后，新学期开始了许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…

故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。星野航（中村悠一 配音）是在岛上学习生活的高中二年级男生，某日，他所在的学校里转来了一位名叫泽城凛奈（河合春华 配音）的女生。对于这个人员不断流失的小岛来说，新鲜血液的加入是一件多么新奇的事情啊！泽城凛奈究竟为什么会从热闹的大城市转学来到这座萧条的学校里呢？没过多久，泽城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、浅仓奈绪子（筱崎双叶 配音）、六条宫穂（草柳顺子 配音）等好友。

广野紘（下野紘 配音）梦想着有朝一日能够成为出色的少女漫画家，因为，身为高中生的他一边完成着学业，一边朝着自己的梦想不断迈进。一次偶然中，广野紘遇见了名为宫村宫子（田口宏子 配音）的女孩，这个女孩是广野紘学校里新来的转校生。宫村宫子似乎对广野紘十分有好感，对他纠缠不休，广野紘的青梅竹马新藤景（冈田纯子 配音）将这一幕幕看在眼中，心里十分失落。与此同时，热爱篮球运动的新藤景刚刚退出了社团，在体育馆中遇见了热爱电影的少年堤京介（泰勇气 配音），堤京介被新藤景矫健的身姿所吸引，开始想要拍摄一部以她为主角的电影。

今天，是少女由乃（阿澄佳奈 配音）离开父母，独自来到大城市念书的日子，虽然考入了梦寐以求的山吹高中艺术科，但是面对未知的生活，由乃的心中尚且留有几分忐忑。在学校旁边有一间名为向阳庄的公寓，在这里，由乃即将度过三年的学习时光。在向阳庄里，由乃结识了许多有趣的朋友们。活泼好动开朗乐观的宫子（水桥香织 配音）一直都因为其大大咧咧的性格扮演着麻烦制造机的角色；每天都在减肥中的温顺少女寻（后藤邑子 配音）在发起怒来的时候不亚于阎王再世，此外，还有个性直率的沙英（新谷良子 配音），一口关西腔的乃莉（原田瞳 配音），略微有些自卑的小荠（小见川千明 配音），这些女孩子在向阳庄里，在笑声中，努力着奋斗着，一步一步向各自的梦想迈进。 

　　由于初中不幸的遭遇，个性十分要强认真的少年三桥廉（代永翼 配音）放弃了良好的升学条件，决心单枪匹马远赴位于埼玉县的西浦高校就读。社团招新的当天，在半推半就之下，三桥加入了刚刚转型成功的棒球部担任投手的位置。一段高中校园中的热血棒球史诗就此展开。
　　棒球队中，三桥结识了一帮志同道合的好友，在充艰苦的训练和激烈的比赛中，彼此结下了深厚的友谊。个性大大咧咧但又不失细腻的捕手阿部隆也（中村悠一 配音），叛逆不羁又格外可靠地外野手花井梓（谷山纪章 配音），视力惊人的三垒手田岛悠一郎（下野纮 配音）等人，在教练百枝麻里亚（早水理沙 配音）的带领下，他们向甲子园的荣誉不断的前进着。