美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。

　　小唯跟真中是青梅竹马，比真中稍小一岁，距今五年前搬离真中家隔壁，在国三的时候回来准备考樱海学园，在自己的努力跟东城的协助下，成功考入，并寄住在真中家跟他同睡一间，因有裸睡的习惯，后被其父发现，造成极大风波。小唯的个性天真活泼，十分信任和依赖真中，不过身材跟脸蛋仍为小孩模样，这也是小唯吸引人之处，小唯虽然为四女主角之末，不过，多半是作为真中跟小司跟小绫的交集点，并未确实的加入战争。小唯为独生女，父亲十分严厉，母亲倒是开明许多。

　　结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。
　　頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？

　　故事发生在风景如画的北海道小樽市，性格胆小懦弱的千濑（折笠富美子 配音）喜欢上了稳重可靠的修次（石母田史朗 配音），鼓起勇气告白之后，两人走到了一起，并且开始交换日记。
　　某日，神秘的敌人出现在了札幌市，紧接着到来的是猛烈的攻击，从空袭之中侥幸逃脱的修次看到空中漂浮着少女的身影，她有着钢铁的翅膀和巨大的机械手臂，正在和敌人进行着殊死战斗，令修次怎么也无法相信的是，这名少女正是千濑。原来，千濑被日本军方改造成为了强大的人体兵器，用来和敌人作战，而随着身体的不断改造和能力的不断增强，千濑的精神和肉体都来到了崩溃的边缘。

　　師走を迎えた冬の鎌倉。街で舞夏の姿を見かけたという皐月の言葉に、一夏は困惑する。どれほど願っても、夏と共に消えた彼女との再会は叶わぬはずだった。しかし、クリスマスイヴの夜。15歳の誕生日を明日に控えた一夏の前に、舞夏と瓜2つの少女“舞冬”が現れる。

坂井悠二的高中生活刚刚开始，本将一直持续的平凡生活却因为一次偶然而发生了剧变。
回家途中，商店街的时空突然停止，这封闭空间中所有人的灵魂都被魔物吸去。而手持日本刀与魔物战斗的灼眼红发美少女，告诉了悠二惊人的真相“你已经死了，现在的你只不过是以另一种形态活着。”
接受了这个事实的悠二决定与这位灼眼红发美少女一起为世界而战，并以少女的武器名来称呼她为“夏娜”。为了世界的未来，夏娜被卷入了一次又一次的战斗之中，二人的羁绊就此展开。

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……