1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。
　　她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。
　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。

广野紘（下野紘 配音）梦想着有朝一日能够成为出色的少女漫画家，因为，身为高中生的他一边完成着学业，一边朝着自己的梦想不断迈进。一次偶然中，广野紘遇见了名为宫村宫子（田口宏子 配音）的女孩，这个女孩是广野紘学校里新来的转校生。宫村宫子似乎对广野紘十分有好感，对他纠缠不休，广野紘的青梅竹马新藤景（冈田纯子 配音）将这一幕幕看在眼中，心里十分失落。与此同时，热爱篮球运动的新藤景刚刚退出了社团，在体育馆中遇见了热爱电影的少年堤京介（泰勇气 配音），堤京介被新藤景矫健的身姿所吸引，开始想要拍摄一部以她为主角的电影。

　　在私立莉莉安女子学院里，有着这样一个制度，新入校的学生要选择一位高年级的学姐，两人结为“姐妹”，在校学习的期间，姐姐将全方位的照顾教导妹妹的生活礼仪。在学院里，山百合会的名字如雷贯耳，作为会长的小笠原祥子（伊藤美纪 配音）、鸟居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是学院里女生们倾慕的对象。她们被称为学院的三朵蔷薇，平日里，她们和她们的妹妹，也就是蔷薇花蕾管理着学生会里的大小事宜。
　　平凡的少女福泽佑巳（植田佳奈 配音）在误打误撞中成为了祥子的蔷薇花蕾，同时也肩负起了管理山百合会的重任。在和其他花蕾相处的过程中，又温馨又轻松的校园生活开始了。

　　正值百年战争末期，基利可·丘比在纵横交织的枪弹下生存。
　　另一方面，Pailsen被RED SHOULDER的丑闻事件包围而垮台。军队的首领决定将他处决，蛤去被情报省的次官沃茨卡姆从法庭救了出来。
　　对Pailsen留下的秘密文件志在必得的沃卡姆，目的在于对“异能生存体”的有用性进行实验，从而在战后得到地位。
　　于是在沃卡姆监视下的基利可，和被秘密文件挑选出的四人：巴可夫、哥登、扎奇、可恰克一起，不停地转战在过于残酷的战场上。“如果不是异能力，就没有生存的机会。”……

今天，是少女由乃（阿澄佳奈 配音）离开父母，独自来到大城市念书的日子，虽然考入了梦寐以求的山吹高中艺术科，但是面对未知的生活，由乃的心中尚且留有几分忐忑。在学校旁边有一间名为向阳庄的公寓，在这里，由乃即将度过三年的学习时光。在向阳庄里，由乃结识了许多有趣的朋友们。活泼好动开朗乐观的宫子（水桥香织 配音）一直都因为其大大咧咧的性格扮演着麻烦制造机的角色；每天都在减肥中的温顺少女寻（后藤邑子 配音）在发起怒来的时候不亚于阎王再世，此外，还有个性直率的沙英（新谷良子 配音），一口关西腔的乃莉（原田瞳 配音），略微有些自卑的小荠（小见川千明 配音），这些女孩子在向阳庄里，在笑声中，努力着奋斗着，一步一步向各自的梦想迈进。 

　　若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
　　这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……