康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。
　　原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。
　　胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。
　　为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。
　　为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。
　　李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。
　　李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。
　　大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。
　　弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。

　　后宫斗争，皇后与阎妃同时怀孕，为保住地位，阎妃与其兄—阎兆良—诬指皇后叛国，使其满门被斩；皇后一人逃出宫外，沦落市井，生下了龙子，却遭人掉包为女婴。
　　二十年后，流落民间的太子皓天、皇后的养女小青、阎姬的儿子启贤均长大成人，且因缘际会于民间相遇；启贤强夺小青，幸为皓天所救，两人情投意合；且皓天无意中救了微服出巡的皇帝，并入宫当侍卫保护皇帝；皓天、启贤、小青三人的恩怨遂从民间转而延伸至宫廷内……

　　众人皆知移花宫宫主邀月（于莉 饰）美若天仙但心狠手辣，但宫女月奴（萧蔷 饰）却偏偏要挑战她的底线。她本以为和江枫（陈俊生 饰）私奔最惨不过是一死，但没想到，她那两个刚刚出生的婴儿却得到了比死亡还要悲惨的将来。邀月抱走了其中的一个取名为花无缺（苏有朋 饰），将另一个留给了江枫的结拜兄弟，名震江湖的大侠燕南天（林瑞阳 饰），她要让这两兄弟在不知情的情况下成为仇人，骨肉相残。燕南天查出义弟之死实为遭人陷害，愤怒的他一路追到恶人谷，却中了恶人们的埋伏武功尽失。恶人们收养了燕南天带来的婴孩，取名小鱼儿（林志颖 饰）。
　　二十年之后，小鱼儿离开恶人谷进入了险恶的江湖，在与温柔可人的铁心兰（陈德容 饰）互生情愫之后又遇见了泼辣的张菁（李绮红 饰），而此时的花无缺也成为了一名武功高强的翩翩美少年，离开移花宫的他目标只有一个，那就是杀掉“仇人”小鱼儿。