飛虎隊總督察張鐵柱乃匪徒聞風喪膽的罪惡煞星，而為打擊利用小島作屏障的軍火走私集團，因此他策劃一項「雷霆掃穴」行動，要將黑道集團一網打盡。

这是吴镇宇首次执导的影片，导演企图通过片中人物的交流、命运来揭示环境变迁、社会进步给人带来的枷锁，呼吁人们相互之间彼此信任。烂头（吴镇宇 饰）是一名普通的香港警察，他的佩枪编号9413,似乎冥冥中就注定了他的悲剧命运。烂头现在的精神几近崩溃，已经丧失了全部记忆。他唯一的办法就去寻求心理医生的帮助，他一直想逃离自己现在的生活状态——肮脏、迷乱的世界，但是他又似乎永远都无法回到自己过去那个干净明亮的世界…… 

　　社会动荡不安的唐朝未年，每18年举行一次的武林赏善罚恶大会上，武林十大前辈选出移花宫主为担任赶杀十大恶人重任的武侠义士，不料却遭到突至的宫主夫君燕南天的阻止。宫主以一招之差落败燕南天后夫妻反目，立誓18年后将授一门人杀尽十恶。
　　为感谢燕南天的救命之恩，十大恶人担起扶养其儿子小鱼儿（刘德华）的重任，并欲把他培养成天下最恶之人。宫主则收养了花无缺（林青霞），边授其武功边灌输男人都该杀的思想。18年过去，十大恶人与宫主分别命小鱼儿与花无缺在新一届赏善罚恶大会上争夺盟主，两人的生活轨迹开始交叉。

　　30年代中期，与日本侵略者暗中勾结的国民党川军师长刘绍基，垂涎川剧名旦花云舫的美貌，欲行不轨。他借给自己做寿的机会，请花云舫所在的戏班子到府中唱堂会。但因戏班人多势众，未能得手。
　　刘绍基在花云舫处一再碰钉子，加之川剧名角曹玉昆和随戏班子入川的京戏名武生穆小楼如影随形地保护着花云舫，使其险恶居心难以得逞。他便指使副官沈桂生买通班主贾三连和武丑丁春华，在台上假戏真做，丁用利刀刺死曹，班主又以"谋杀"的罪名嫁祸于花云舫。
　　在花被拘传期间，穆小楼每天守护陪伴着她。歹毒的沈桂生勾结警察局以"奸夫"的罪名逮捕了穆小楼。为救穆出狱，花云舫答应嫁给刘绍基，但要在成亲之前演一台"封箱戏"，刘一口应承。刘陪着日本军官田中前来观看《白蛇传》，当演到"断桥"这场戏时，穆小楼已神不知鬼不觉地代替花云舫上了台。有人看出破绽，在千钧一发之际，穆小楼以刀代镖，将台下的刘绍基打死。剧场顿时大乱。穆小楼一面掩护花云舫的戏班子撤离，一面施展武功，击毙丁春华以及田中和他的侍卫。接着，他又将沈桂生的追兵引进爆竹作坊，沈桂生也被除掉。正当穆小楼准备突围时，埋伏在作坊四周的军警乱枪齐发，穆小楼倒在血泊之中。汹涌奔腾的长江激流中，一叶小舟载着花云舫等人起伏沉落，艰难地驶向前方。

　　从越南逃出的John（任达华 饰）在哥哥的菲律宾货轮上帮忙，谁知哥哥却从事杀人越货的勾当，赚钱无数却血债累累。某日，货轮前往香港途中，遭遇一群被困海上的越南难民。船员假意搭救他们，却在难民上船后亮出屠刀。John认出当年好友Garry（周景扬 饰），拼死将其救下，Garry则在撞击中失去记忆。
　　货轮在香港码头受到盘查，身份不明的Garry打伤警察，跳船逃跑，导致货轮被当局扣下。船长一众唯恐Garry吐露杀人越货内幕，派出船员寻找追杀。随后数日，码头接连发生多宗凶杀案。香港警队女督察（杨丽菁 饰）侦查得知与逃跑的Garry有关，立即展开追捕，却在这一过程中发现其中另有隐情……