警队的“绝密档案”，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系

罹患不治之症的David（张智霖 饰），醉驾失控冲向隔邻行车线，休班警员Sam（古天乐 饰）和妻子阿思（佘诗曼 饰）于两车相撞前及时扭軚，避过一劫。David的车和跟在Sam车后的一辆车迎头相撞，司机Patrick无辜惨死。失恋寻死的小红从天台一跃而，恰巧堕到Patrick车顶。此时，新晋歌手Jamie与舅父驾车经过，好奇查看时，遭重型货车撞死。负责处理小红尸体的仵工志强（林家栋 饰），因想还清赌债而偷走了陪葬的龙凤镯，却一直不能将其变卖。Patrick未婚妻雨欣（蔡卓妍 饰），为完成丈夫的遗愿经营渡假屋，却接连发生怪事，David为了赎罪前来暗中帮忙。Jamie的黑胶唱片被扔掉后仍不断重回到Sam和阿思家中，涉及车祸的人无不遇怪事……

失去记忆的李安(李敏豪饰)在海边被神秘老人仁叔(李龙基饰)救起的时候，身上只得一套名贵的西装。落在陌生的城市里的李安，得到爱音乐的少年金牌(祁勃力饰)收留，成为冰室的员工。上班的第一天，冰室却遇上黑帮大哥的离奇死亡事件。智勇双全的李安成功解开谜团，揭发出饮食龙头集团卧龙的连串犯罪收购计划，同时李安却发现，卧龙竟然跟自己的身世有着密不可分的关系......

澳门两大黑帮洪兴帮和义英帮为争夺赌场利益火并数月后决定言和，不想这时江湖上传出洪兴帮老大崩牙华已出五百万高价聘请外来杀手，准备不日刺杀义英帮大哥高佬忠。为保证高佬忠的安全以免天下再次大乱，崩牙华派出手下得力干将也是腐败警察的阿琛（梁朝伟）去阻止事情发生。

保险经纪人叶永信(陈家乐 饰)某天接到一通神秘来电，电话中的男子问自杀后多久可以拿到赔偿，随后他接到上司通知有客户指定他去跟进保单，叶上门拜访时亲眼目睹一个孩子吊死在屋中，他随即认定客户为诈取保险金而杀害儿子，决心暗中对朱重德(黄秋生 饰)和沈子玲(林嘉欣 饰)夫妇展开调查，恐吓随即接二连三发生在他及恋人文惠仪(汤怡 饰)身上，在又一起命案发生后，他愕然发觉事情和他的判断并不一样…

2009年，十六岁的湖南女孩王佳梅（春夏 饰）追随改嫁的妈妈和姐姐的脚步来到了香港，全新而陌生的环境，她感觉到格格不入，与家人的关系也逐渐紧张起来。志愿成为模特的佳梅以助理身份入行，尝尽了圈内的苦辣酸甜，最终为了赚更多的钱而出卖肉体。直到某天，她认识了拥有悲惨童年经历的肥仔丁子聪（白只 饰），两人的命运同时朝着悲剧的方向转变。繁忙的警署内，肥仔前来自首，负责此案的臧SIR（郭富城 饰）针对相关人士展开调查，在此过程中，佳梅和丁子聪个人的故事交替展开。有如两条悲伤的河流，最终汇成混杂着血污与泪的黄泉之水……

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黄文展“狗头”（任达华 饰）和何家宝“猪女”（徐子珊 饰）是香港CIB（Criminal Intelligence Bureau）的职员。CIB俗称香港警察中的狗仔队，里面人人行动低调样貌平凡，但却对罪犯有极其灵敏的嗅觉。

《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。

杰（周柏豪 饰）是一位技艺精湛的冷血杀手，只要成为了他的目标，那么下场就只有死路一条。杰的脸上长了一个肿瘤，样貌因此格外丑陋，但凡见过他真面目的人无不惊出一身冷汗，只想着逃跑。