并称为“天下霸道三剑”的天生牙、丛云牙和铁碎牙分管天、地、人三界，当年全部为犬夜叉的父亲斗牙王所拥有。斗牙王与人类公主十六夜相恋，生下犬夜叉，此举惹来暗恋十六夜的武将刹那猛丸的嫉妒。身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人，随即与猛丸展开决战。恶战之后，斗牙王生命将终，他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉，而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。

清晨，贤惠温柔的比企谷小町（悠木碧 配音）早已做好丰盛的早餐，而他那乖僻老哥八幡（江口拓也 配音）却还呆坐餐桌前腹诽婚姻与爱情。日上三竿，千叶市立总武高中“侍奉部”正在忙碌着什么。千叶当地政府以青年人的婚姻为主题准备出版一期城市杂志，结果这项工作稀里糊涂地到了平冢静（柚木凉香 配音）老师的手里。而对于婚姻没有任何经验的她，只能又把工作转包给侍奉部。为此，八幡和部长雪之下雪乃（早见沙织 配音）展开唇枪舌战的激烈辩论。初期的问卷调查结果并不理想，于是连小町也被请了出来，小町则提出了“新娘度”的大选拔……

期望不受束縛自由自在生活的遙，與最好的夥伴們迎來高中最後的夏天。因為看不到畢業後的將來而感到迷茫，無法集中精神，繼而與擔心他的真琴等人爭吵起來。和這群無可取代的同伴們有着深厚牽絆的遙，想去的未來究竟在哪裡呢？

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——

全国大赛开幕在即，渴望一鸣惊人的樱木花道却因为底子太薄，连续三次被赶出球场，且一分未得。即使在晴朗明媚的日子里，樱木的心情也超级差，连续对他的死党和任何挡在面前找麻烦的人使出头槌。他希望私下里请木暮帮他集训，又不愿让大猩猩知道。当他和伙伴们路过某个球场时，刚好看到赤木晴 子在这里练习投球。就在此时，一台机车飞驰冲入球场，头戴安全帽的骑手腾空而起，绝杀灌篮。此人是津久武高中篮球部一年级新生南乡桄一郎，他不仅对樱木的头槌无动于衷，更具有令众人无法轻视的实力。接下来一场，湘北篮球队遇上了强劲对手津久武……
　　本片根据井上雄彦的同名漫画改编，为该动画的第二部剧场版。